Rabbi Yossef Karo fut un auteur prolifique, qui écrivit des ouvrages dans plusieurs grands domaines de la littérature juive : la parchanout (commentaire biblique), la méthodologie talmudique, les ouvrages d’éthique, la Kabbale, les responsa et, bien entendu, ses grandes œuvres de halakha.

Beth Yossef : Rédigé comme un commentaire exhaustif du Tour (recueil de décisions halakhiques rédigé par Rabbénou Yaakov ben Acher, 5035-5109/1275-1349 de l’ère commune), cet ouvrage lui demanda vingt ans de travail. Dans le Beth Yossef, Rabbi Yossef rassembla les opinions et les décisions de toutes les grandes autorités jusqu’à son époque, sur chaque question halakhique, et les compara systématiquement. Il tranchait entre les différents avis en se fondant sur le consensus des trois plus grandes autorités halakhiques : Rabbi Its’hak Alfassi (le Rif), Rabbi Moché ben Maïmone (le Rambam/Maïmonide) et Rabbénou Acher (le Roch). En cas de désaccord entre ces trois géants, il suivait l’avis majoritaire. Si aucune de ces autorités ne s’était prononcée sur la question, il suivait l’opinion majoritaire parmi Rabbi Moché ben Na’hman (le Ramban/Na’hmanide), Rabbi Chlomo ben Adéret (le Rachba) et Rabbénou Nissim (le Ran). Puisqu’il était d’origine séfarade (espagnole), ses décisions suivaient pour l’essentiel les avis des sages séfarades, avec très peu de références aux sages de Tsarfat (France) et d’Achkénaz (Allemagne et environs). Bien que l’ouvrage ait été achevé et publié en 5302 (1542 de l’ère commune), il continua à le réviser et à l’affiner pendant les douze années suivantes, puis le publia dans une seconde édition avec le Tour, en plusieurs volumes : Ora’h ‘Haïm à Venise en 5310-5311 (1550-1551 de l’ère commune) ; Yoré Déa à Venise en 5311 (1551 de l’ère commune) ; Éven HaÉzer à Savionita en 5313 (1553 de l’ère commune) et ‘Hochène Michpat à Savionita en 5319 (1559 de l’ère commune).

Rabbi ‘Haïm Yossef David Azoulaï (le ‘Hida) écrit que l’ouvrage eut aussi ses adversaires. L’une des principales autorités halakhiques de l’époque, Rabbi Yossef ibn Lev, donna pour consigne à ses élèves de ne pas s’en servir, de peur qu’ils n’en viennent à trop s’en remettre à lui, au détriment de leur propre maîtrise des sources originales. Lorsqu’il enseignait le Tour à ses élèves, il citait toujours de mémoire toutes les sources sur lesquelles le Tour fondait ses décisions, sans jamais en oublier une. Or, après la publication du Beth Yossef, il arriva une fois qu’il ne parvint plus à se rappeler la source d’une certaine décision. Après l’avoir cherchée en vain, il déclara : « Je vois que le Ciel veut que le Beth Yossef soit largement utilisé. Allez y chercher la source ! » En effet, les élèves y trouvèrent la source exacte : elle se trouvait dans un traité particulier du Talmud. À partir de ce moment-là, Rabbi Yossef ibn Lev permit à ses élèves d’étudier dans le Beth Yossef.

Au départ, son ouvrage rencontra une forte opposition de la part de plusieurs sages d’Orient et d’Occident.

Choul’hane Aroukh : Après avoir achevé le Beth Yossef, Rabbi Yossef Karo résuma les décisions qu’il y avait formulées sous forme d’index, sans citer les sources, et intitula cet ouvrage Choul’hane Aroukh (« La Table Dressée »). Il fut achevé en 5315 (1555 de l’ère commune), en Terre d’Israël, dans une localité proche de Safed, mais fut publié pour la première fois à Venise en 5325 (1565 de l’ère commune). Bien que Rabbi Yossef Karo lui-même n’attachât pas d’emblée une grande importance à cet ouvrage, n’y voyant qu’un simple ouvrage de référence, il fut bientôt considéré comme le recueil de décisions halakhiques le plus fiable et celui qui faisait le plus autorité en la matière.

Là encore, l’ouvrage rencontra au départ une forte opposition de la part de plusieurs sages d’Orient et d’Occident. Ils soutenaient qu’il n’avait pas été écrit comme un code de halakha et s’opposaient avec vigueur à ce qu’on s’en serve pour trancher la loi sans examen ni analyse préalables des sources appropriées dans le Talmud et les autres codificateurs. En outre, les sages ashkénazes soulignaient que l’ouvrage reposait presque exclusivement sur des autorités séfarades et risquait, de ce fait, d’éclipser les écrits des autorités françaises et allemandes. Parmi ces opposants figurait Rabbi Moché Isserlès (le Rema), qui releva tous les endroits où le Choul’hane Aroukh s’écartait des décisions et des coutumes des sages d’Allemagne et de ses environs. Par la Providence divine, cette controverse contribua en réalité à en répandre la renommée et l’usage, jusqu’à ce qu’il devienne la norme halakhique partout où le Rama n’exprimait pas de désaccord. Finalement, la glose du Rama, appelée HaMapa (« la nappe »), fut publiée avec le Choul’hane Aroukh à Cracovie en 5338 (1578 de l’ère commune), et tous deux devinrent le Code de loi juive universellement reconnu.

Kessef Michné : Commentaire sur le Michné Torah de Maïmonide. Le Rambam avait publié son œuvre maîtresse sans indiquer les sources de ses décisions. Le Maguid Michné, important commentaire du Michné Torah rédigé par Rabbi Vidal de Tolosa, avait donné les références de six des quatorze sections de l’ouvrage, et Rabbi Yossef Karo entreprit de compléter ces références, tout en expliquant la position du Rambam et en la défendant contre le Raavad, qui avait réfuté nombre de ses décisions. Le Kessef Michné fut publié à Venise entre 5334 et 5336 (1574-1576 de l’ère commune) et fut ensuite publié avec presque toutes les éditions du Michné Torah.

Bedek HaBayit : Notes additionnelles à son Beth Yossef en réponse aux critiques (Salonique, 5365).

Responsa : Rabbi Yossef Karo correspondit avec nombre des grands rabbins de sa génération au sujet d’importantes questions halakhiques. Cette correspondance fut rassemblée et publiée après sa mort. Un volume, contenant ses responsa sur Éven HaÉzer, fut publié par son fils Yehouda à Salonique en 5358. D’autres responsa furent publiés bien plus tard sous le titre Avkat Rokhel (Izmir, 5555).

Klalei HaGuemara : Volume sur la méthodologie talmudique, publié avec le Halikhot Olam de Rabbi Yehochoua HaLévi à Salonique en 5358.

Or Tsadikim : Commentaire sur la Torah, Chir HaChirim (Cantique des Cantiques) et Pirkei Avot (Éthique de nos Pères), publié avec des commentaires d’autres auteurs (Salonique, 5359). Il écrivit également un commentaire sur Michlei (Proverbes), qui ne fut jamais publié.

Un sur-commentaire sur les commentaires de Rachi et du Ramban sur la Torah ne fut jamais publié. Il est mentionné dans l’introduction du volume de responsa publié par son fils.

Maguid Mécharim : L’unique œuvre ouvertement kabbalistique de Rabbi Yossef Karo. L’ouvrage rassemble les enseignements qu’il reçut d’un maguid céleste, un ange qui l’instruisait en privé. Il fut publié en deux parties : la première, couvrant de Béréchit à Metsora, parut à Lublin en 5405 ; la seconde, qui complète la Torah ainsi que les Prophètes et les Écrits, parut à Venise en 5414. Rabbi ‘Haïm David Azoulaï (le ‘Hida) note qu’environ un cinquantième seulement du manuscrit fut publié.

L’ouvrage couvre une étonnante diversité de sujets, notamment des exhortations éthiques, des explications sur les dix sefirot, les secrets de la Création, les Noms Divins, les niveaux de l’âme, des traités sur la révélation du prophète Élie, la réincarnation et la résurrection des morts, les miracles, la Providence divine et le libre arbitre, l’interprétation des rêves, les intentions mystiques liées au fait de manger, les intentions mystiques de certaines mitsvot, la nature du péché et le tort qu’il cause, ainsi que des interprétations mystiques de passages de la Torah.