Rabbi Jacob Emden naquit à Altona (près de Hambourg) dans l'été de l'année 1697. Son père, le Rabbin Tzvi Ashkenazi (connu sous le nom de « Hakham Tzvi ») était le grand-rabbin des trois communautés sœurs : Altona, Hambourg, Wandsbeck. (Dans l'histoire juive, ces communautés sont connues sous le nom « Kehilot AHU », suivant leurs initiales en hébreu.)

Comme vous l'avez vu, le vrai patronyme de Rabbi Jacob Emden était Ashkenazi, mais on l'appelait Emden d'après la ville où il avait officié comme rabbin. Il est également connu sous le nom YaBeTz, composé des initiales des mots Yaakov Ben Tzvi.

Le premier professeur du jeune Jacob fut son père, talmudiste et rabbin de renom. Jacob avait hérité de son père la fierté ainsi qu'une violente opposition au mouvement du faux messie Sabbataï Tzvi. Bien que la preuve eût été déjà faite que Sabbataï Tzvi n'était pas le vrai messie, il y avait toujours quelques partisans secrets adhérant à ce mouvement. Comme son père, Jacob Emden était déterminé à les dépister à tout prix.

Jusqu'à l'âge de 18 ans, Rabbi Jacob suivit son père partout, lorsque celui-ci s'établit à Amsterdam et plus tard à Lemberg. Puis, il s'en sépara pour épouser la fille du célèbre talmudiste, Rabbi Morde'haï ben Naftali HaCohen, qui était à la tête de la grande Yechivah de Ungarich-Brod en Moravie. Ce fut à cette Yechivah qu'il augmenta considérablement ses connaissances de la Torah par des études intensives. Pendant son temps libre, il étudia également des langues, la grammaire et la philosophie.

Après trois années d'études très poussées, il quitta la maison de son beau-père et la Yechivah de Brod et devint vendeur ambulant de bijoux. Il voulait, autant que possible, éviter d'exercer l'office de rabbin et être payé. Néanmoins, il ne négligea jamais ses études, même pas pendant ses voyages et, partout où il alla, il s'adressa aux communautés juives ou à leurs chefs, en les réprimandant si leur conduite religieuse ne lui paraissait pas satisfaisante.

En 1728, il accepta l'invitation de la communauté juive d'Emden pour y occuper le poste de rabbin. Il y resta pendant quatre ans et pendant ce temps, il fut continuellement en lutte avec ceux qui le décevaient. Finalement, il abandonna ce poste et, en 1733, il retourna à sa ville natale, Altona. C'est dans cette ville qu'il passa le reste de sa vie, en défendant sans arrêt et impitoyablement ses convictions, ce qui l'opposa aux rabbins en vogue à cette époque. A son arrivée à Altona, il reçut l'autorisation de monter une synagogue à lui. Il installa également une imprimerie, car il en avait reçu l'autorisation du roi. De plus, il était à la tête d'une affaire prospère de bijoux.

Bientôt, Rabbi Emden imprima un Sidour – un recueil de prières – avec commentaires. Ce livre souleva une grande opposition, parce qu'il contenait des modifications radicales. Rabbi Emden était en désaccord avec deux rabbins, chefs de sa communauté : le rabbin Moshe Chagis, à la tête de la communauté portugaise, et le rabbin Ezekiel Katznelbogen, grand-rabbin des trois communautés, dirigées auparavant par son père. Il lui arriva souvent de critiquer les décisions de loi prises par Rabbi Katznelbogen, malgré l'âge et la position élevée de ce dernier, car lorsque Rabbi Emden était convaincu qu'il avait raison, il ne s'arrêtait devant personne pour dire son opinion. Pendant 16 ans, il fut l'adversaire implacable du grand-rabbin jusqu'à la mort de ce dernier en 1749. Son successeur fut rabbin Jonathan Eybeschitz de Metz.

Rabbi Jacob Emden soupçonna le nouveau grand-rabbin d'être un adepte secret du mouvement de Sabbataï Tzvi.

Il le dénonça publiquement et demanda son excommunication. Les chefs de la communauté défendirent leur rabbin qui était connu comme un homme très pieux et comme un érudit de premier ordre. Ils décidèrent que Rabbi Emden était un agitateur et lui demandèrent de quitter la communauté. Il refusa, jusqu'à ce qu'il fût menacé par la violence. Il s'enfuit à Hambourg et s'adressa au roi Frédéric du Danemark, à qui appartenait la province.

En 1752, le jugement fut rendu en faveur de « Jacob Hershel » (Jacob, le fils de Hersch Tzvi), car c'est ainsi que le rabbin Emden était inscrit sur les documents officiels. Le Conseil de la communauté juive fut blâmé pour avoir agi d'une façon tyrannique en chassant le rabbin Emden. Les chefs de la communauté furent obligés de payer une amende. Rabbi Emden reçut l'autorisation de retourner à Altona où il continua ses attaques contre le rabbin Jonathan Eybeschitz. Finalement, le roi fut convaincu que Rabbi Emden avait tort et il lui ordonna de cesser sa campagne. Ce conflit était terminé, mais s'était étendu partout, maintenant les juifs, pendant longtemps encore, dans un état d'excitation. De l'avis général, Rabbi Emden était aveuglé par son zèle et vaincu par sa fierté, bien qu'il eût de bonnes raisons de défendre le Judaïsme contre ce qu'il pensait être un grave danger.

Cependant, tout le monde était d'accord pour reconnaître sa grande érudition. Il était considéré comme faisant autorité en matière de Loi juive et était très influent dans les cercles gouvernementaux. C'est ainsi qu'en 1772 on s'adressa à lui pour qu'il aidât la communauté de Mecklenbourg Schwerin qui se disputait le droit de pouvoir enterrer les morts tout de suite après le décès, comme suite à la loi juive pour laquelle un retard dans l'enterrement est considéré comme un acte avilissant et dégradant pour le mort.

En plus de son Sidour qui, malgré la féroce opposition, devint un livre de référence important, rabbi Emden publia un grand nombre d'autres œuvres. Il rédigea un journal, la Meguilat Sefer, qui est d'un grand intérêt historique, puisqu'il nous donne une description très claire de la vie juive à cette époque. Il écrivit également plusieurs pamphlets relatifs aux querelles auxquelles il fut mêlé. Dans un de ces pamphlets, le Edouth beYaakov, il expose ses arguments concernant son opposition au rabbin Jonathan Eybeschitz. Il écrivit également des pamphlets contre le mouvement de Sabbataï Tzvi. Plus importants sont ses commentaires sur la Michna, appelés Seder Olam, ainsi que le Sidour mentionné ci-dessus, qui constituent un apport important à la littérature rabbinique et qui lui accordent une place importante parmi les grands talmudistes de son temps.